Sankcją za niestosowanie przepisów ustawy w zakresie BDO może być grzywna lub areszt wymierzane przez sądy oraz administracyjne kary pieniężne nakładane przez Wojewódzkiego Inspektora Ochrony Środowiska.
Karą aresztu lub grzywny może zostać nałożona na firmę, która pomimo obowiązku: nie złoży wniosku o wpis do Rejestru BDO, nie złoży wniosku o zmianę wpisu, nie złoży wniosku o wykreślenie z rejestru, złoży wniosek niezgodny ze stanem faktycznym, naruszy obowiązki sprawozdawcze i ewidencyjne, w tym, w przypadku awarii Systemu BDO, nie wprowadzi danych z papierowych dokumentów ewidencji odpadów do tego Systemu, w wyznaczonym terminie. Kara grzywny, jaką może wymierzyć sąd, waha się od 100 zł do ponad 1 mln zł.
Administracyjna kara pieniężna jest nakładana za: prowadzenie działalności bez wymaganego wpisu do Rejestru BDO nieumieszczanie numeru rejestrowego, nadawanego przy okazji rejestracji w Rejestrze BDO na dokumentach sporządzanych w związku z prowadzoną działalnością. Administracyjna kara pieniężna wynosi od 5000 zł do 1 mln zł.
Od 1 stycznia 2020 roku karze grzywny lub aresztu będzie też podlega każdy, kto nie przechowuje przez określony czas, nie udostępnia lub nie przedkłada dokumentów i wszelkich danych, do których zobowiązuje go ustawa, a także kto w trakcie transportu odpadów i odpadów komunalnych nie będzie posiadał potwierdzenia wygenerowanego z BDO.
